Карантинирование - это комплекс мероприятий, направленных на предупреждение заноса и распространения заразных болезней. Карантинирование должно быть первым и обязательным этапом для любого вновь поступающего животного. Проводится оно в отдельном террариуме, и до окончания карантина, т.е. до момента, когда есть полная уверенность, что животное здорово, в этот террариум других животных не помещают. Срок карантирования обычно составляет 2-3 месяца. Если по истечении этого срока животное хорошо выглядит и в его анализах (на глисты и бактерии) нет никаких отклонений, то оно может быть переведено для содержания с другими животными. Но обычно на карантин оставляют 2-4 недели.

Для выявления заболеваний осуществляется осмотр, в которых входят:
- оценка внешнего вида животного и его упитанности (истощение, ожирение, деформация конечностей, панциря, видимые опухоли, открытые раны, потертости, изменения когтей, помутнение роговицы, отеки век, выбухание глазного яблока, кожных паразитов и т.д.);
- осмотр скрытых мест наиболее частого расположения паразитов (складки кожи, пространства под карапаксом или над пластроном, клоака);
- осмотр доступных полостей (рта, носовых ходов, клоаки - кровоизлияние, выпадение, выделения, наличие глистов и личинок).
- пальпация, прослушивание (проводит ветеринар).
При наблюдении за животном в карантине обращают внимание на его поведение, пищевую активность, частоту и характер линек. Могут быть выявлены - вялость, постоянный уход от тепла, повышенная подвижность, судороги, нарушение координации движений, нарушение флотации (ныряний у водных черепах). С этими признаками заболеваний следует обратиться к ветеринару.

Карантинная емкость представляет собой пластиковый таз для водных и любая коробка с подстилкой (белая бумага, салфетки бумажные, коврик) для сухопутных черепах. Температура, нагрев, лампы - такие же, как и для некарантинных животных. Кормят черепах на карантине точно так же, как и обычных, но только после здоровых черепах, чтобы не допускать переноса вероятной инфекции.